北宋靖康二年（公元1127年）十一月二十七日，赵昚出生。
绍兴二年(公元1132年)，6岁的赵伯琮幸运地被失去生育能力的高宗选中，育于宫中。
绍兴三十年（公元1160年）二月二十四日，赵昚被立为皇子，改名玮。二十五日，下诏。二十七日，授为宁节度使、开府仪同三司，进封为建王。
绍兴三十一年（公元1161年），完颜亮南侵，朝中多数大臣主张逃跑，时年35岁的赵昚主动上书，请求领兵与金兵决战。但经老师史浩的提醒，为了避免高宗疑心，他再次上书，请求在高宗亲征时随驾保护，以表孝心与忠心。
绍兴三十二年（公元1162）五月二十八日，被立为皇太子，改名为眘。六月宋高宗以“倦勤”，想多休养为由，传位给养子赵昚，是为宋孝宗。高宗自称太上皇帝。从此，宋朝皇位又回到了太祖一系。初，高宗很早就有禅位之意，曾经告诉过赵昚，赵昚流着泪坚决一再推辞，适逢边事爆发没有结果。
绍兴三十二年(公元1163)七月，也就是孝宗即位后的第二个月，颁布手谕，召主战派老将张浚入朝，共商恢复河山的大计。
绍兴三十二年，接受老师史浩的建议，下诏为民族英雄岳飞冤狱昭雪平反，追复岳飞原官，赦还被流放的岳家家属，并逐渐开始为被贬谪和罢免的主战派大臣平反复官。
隆兴元年五月，孝宗任命张浚为北伐主帅，北伐战争拉开序幕,宋军一月之内恢复灵壁、虹县和宿州,威慑中原。后来在金军优势兵力的下，宋军主将不和，军心涣散，撤兵符篱时遭到金兵的追截，损失惨重，只好再次与金国达成和议，改称臣为称侄，增加岁币等，北伐战争就此草草收场。
乾道八年公元1172年春正月初一，颁布《乾道敕令格式》。
乾道九年宋孝宗于圜丘祭祀，大赦天下，改次年（1174年）为淳熙元年。
淳熙三年（1176年）,孝宗颁诏将现行的救令格式，仿照“吏部七司条法总类”，随事分门，修纂成“淳熙条法事类”，作为大理寺和刑部处理案件的法律依据。
淳熙十三年，临安府罢逐青吏300多人，两年后又裁汰百司冗官700多人。另一方面严格限制恩荫数目，缩减各级官员荫补的数量。
淳熙十四年十月，高宗崩于德寿宫中，孝宗听闻后失声痛哭，两天不能进食，又表示要服丧三年。孝宗为了服丧，让太子赵惇参预政事。
淳熙十六年二月初二（公元1189年2月18日）禅位于太子，太子即位，是为宋光宗。孝宗自称太上皇，闲居慈福宫，后改名重华殿，上尊号为寿皇圣帝，继续为宋高宗服丧。
绍熙五年(公元1194年)五月初二，宋孝宗染疾。六月初九，孝宗在重华殿逝世，终年六十八岁。十月二十九日，上谥号为哲文神武成孝皇帝，庙号孝宗。十一月二十八日，暂殡于永阜陵。十二月十八日，在太庙附祭孝宗神主。庆元三年十一月初二，加谥号为绍统同道冠德昭功哲文神武明圣成孝皇帝。