汉武帝天汉二年（公元前99年），中国文化史上最黑暗、最丑恶的一幕发生了：司马迁被汉武帝下令施以宫刑。其实，历代皇帝在收拾文人的时候大都不会手软，什么残忍毒辣的法子都使用过。但把一个整天埋头于简牍中，忙于阅读、整理历史文献的文人的生殖器连根端掉者，汉武帝刘彻却是独一个。这种世所罕见的无耻行径，实在让人觉得恶毒、阴损和卑鄙下流。那么，汉武帝为何会突发奇想、挖空心思地这样对待司马迁呢？难道仅仅只是因为司马迁站在客观公正的立场上，为投降匈奴的李陵说了几句公道话，还是另有他因？
不能否认，汉武帝下这个命令的时候,心情确实很糟糕。李广利的兵败，李陵的投敌，使得大汉颜面扫地。最重要的是，由于历年穷兵黩武，造成民不聊生、国库空虚，大汉表面上看起来风光依旧、轰轰烈烈，但“内囊却也尽上来了”。而齐、楚、燕、赵和南阳等地相继爆发的来势凶猛的农民起义，更让汉武帝心情郁闷、心理扭曲。在这种内忧外患的情况下，脸上无光的汉武帝最需要的是同情、支持和顺从，不需要别人指责他的武略方针，更不愿意别人怀疑他的雄才大略。这个时候，不懂军事的文人司马迁跳出来口无遮拦地针砭时弊，只能说是找抽了。
而真正促使汉武帝把司马迁推上“断根手术台”的，还是那句“文人相轻”的千古至理名言。汉武帝虽是马上皇帝，但他吟得了诗、作得了赋，在很大程度上，他是以文人自居的，自诩文采不凡。试想，一个杰出的文人是不屑于同一个水平比自己低的文人较劲儿的，但问题就出在了“略输文采”上。各个阶层的文人之间大都会较真儿，会叫板，会妒忌，会诋毁，上流社会更是如此。对于司马迁这样一位足以淹没皇帝“文采”的西汉文坛领袖，手握生杀予夺大权的汉武帝如果发起狠来,那绝对是不择手段的。
司马迁被“宫”了以后，汉武帝还是觉得不够解恨，便把身体残缺的司马迁安排到太史令的位置上，可谓用心险恶。因为太史令一职自创立以来，皆由太监担任，汉武帝对司马迁这种刻意的职务安排，既有知人善任的自我标榜，同时也有不言而喻的羞辱意图。司马迁坐在太史令的办公室里，就等于向世人宣布：我司马迁是太监。我相信，这份天大的羞辱，这种无形的折磨，只有身临其境的司马迁才能感受得到。
一部被鲁迅誉为“史家之绝唱，无韵之离骚”的史学巨著，足以让司马迁名垂青史，流芳千古。《史记》的文风虽然被公认为求真务实、严谨不苟，但司马迁在对汉武帝刘彻以及他老爸汉景帝刘启的记述中，还是扎扎实实地掺杂进了自己的恩怨情仇，这是不能否认的。在作《汉景帝本纪》时，司马迁所用的笔墨极少，寥寥数语便轻而易举地打发了这位在历史上名号响当当的著名皇帝。而作《汉武帝本纪》时，司马迁却浓墨重彩地记录了汉武帝“信奉鬼神”、“求仙问丹”、“封禅祭礼”、“蛊惑之乱”等不光彩的事情，且篇幅巨大，倒是像“远征匈奴”、“广开三边”等汉武帝的一生伟业，反而成了陪衬。
“士可杀而不可辱”，文人的身体可以被阉割，但文人的思想、骨气以及手中的笔却不那么容易被阉割。在饱受屈辱的司马迁的笔下，雄才大略的汉武帝一落千丈地成了一个不务正业、不折不扣的腐朽昏君，英明神武的汉景帝也成了一代无能之辈，他们的形象被人们从古读到今，并且还要一直读下去。这样看来，与其说是汉武帝阉割了司马迁，倒不如说是司马迁阉割了汉武帝，阉割了他的丰功伟绩，还有他那原来风光的老爸。