小时了了
孔融十岁那年随父亲到达京城洛阳。当时，着名的士大夫李膺也在京城，如果不是名士或他的亲戚，守门的人一般是不通报的。孔融只有十岁，想看看李膺是个什么样的人，就登门拜访。
他对守门人说：“我是李膺的亲戚。”守门人通报后，李膺接见了他。李膺问他说：“请问你和我有什么亲戚关系呢？”孔融回答道：“从前我的祖先孔子和你家的祖先老子有师资之尊（孔子曾向老子请教过关于周礼的问题），因此，我和你也是世交呀！”
当时很多宾客都在场，对孔融的回答十分惊奇。后来中大夫陈韪来到李膺府第，宾客把这件事情告诉他，他却不以为然地说：“小时了了，大未必佳。”（小时候聪明长大后就不一定聪明了）孔融立即反驳道：“想君小时，必当了了。”（那么您小时候一定很聪明吧）陈韪无话可说。
李膺大笑，说：“高明必为伟器。”（你这么聪明将来肯定能成大器）
孔融让梨
孔融让梨的故事最早应见《世说新语笺疏》注引《续汉书》。说的是孔融四岁时候，与兄弟一起吃梨，但他一直拿最小的梨吃，父亲奇怪地询问他，他回答说：“我是小孩子，按理应该拿小的。”孔融的宗族因而对他感到惊奇。
《三字经》中就有“融四岁，能让梨”之语。
一门争义
东汉末期，“党锢之祸”迭起，宦官把持朝政，大肆搜捕、诛杀正直之士。张俭因得罪宦官侯览遭到通缉。孔融的哥哥孔褒是张俭的好友，于是张俭便去投奔他。
不巧孔褒不在家，孔融当时只有十六岁。张俭因孔融年纪太小，没有把实情告诉他。孔融见张俭形色慌张，于是便把张俭留下。后来事情败露，张俭逃走，孔融、孔褒却被逮捕下狱。
孔融说人是他留下的，他该负责；孔褒说：“彼来求我，非弟之过。”坚持要由他负责；孔母说她是家长，她该负责，闹得“一门争死”。郡县官吏拿不定主意，只好如实上报朝廷。最后皇帝定了孔褒的罪，下令杀死了他。孔融因此名声大噪。州郡几次辟举他为官，都被辞谢了。
忘年之交
“忘年之交”出自《后汉书·祢衡传》：“衡始弱冠，而融年不惑，遂与为交友。”指年辈不相当而结交为友。
哭坟不悴
据《御览》二百六十二引《秦子》记载说：孔融任北海相时，在路上看见一个人在坟墓边哭泣自己的亡父，脸色却一点都不憔悴。孔融于是将此人杀了。
覆巢之下焉有完卵
孔融被害时，他的女儿七岁，男孩九岁，因年幼得以保全。寄在别人家中。
孔融被捕时，二子正在下棋，不为之动。左右的人说：“父亲被逮捕，为什么不逃呢？”答说：“哪里有巢毁坏了卵不破的呢？”主人有给肉汁的，男孩口渴喝了。女孩说：“今天这样的祸，难道能够久活，还要知道肉味吗？”哥哥号哭而止饮。
有人对曹操说了，于是决定都杀掉。等到捉拿的人到，女的对哥哥说：“如果死者有知，得见父母，难道不是我们最大的愿望！”于是引颈就刑，颜色不变。时人都为之悲伤。