冯梦龙思想受明代哲学家李卓吾和王阳影响很大。
据明人许自昌《樗斋漫录》记载：冯梦龙“酷嗜李氏之学，奉为蓍蔡”。并与袁无涯一起增补、整理、刊行李卓吾评点的《水浒传》。在冯梦龙所编纂、评改的《情史》、《智囊》、《古今谭概》、《太平广记钞》等著作中，大量引述了李贽的言论，且大多作了肯定的评价。
李贽最为惊世骇俗的思想莫过于对孔子及其六经的蔑视和否定。他说：“夫六经、《语》、《孟》，非其史官过为褒崇之词，则其臣子极为赞美之语。又不然，则其迂阔门徒，懵懂，记忆师说，有头无尾，得后遗前，随其所见，笔之于书。”（《童心说》）被历代统治阶级奉为经典的《论语》、《孟子》、六经，决非万世之至论，实“乃道学之口实，假人之渊薮也。”（《童心说》）
李卓吾坚决反对以孔子的言论作为判断是非的标准，汉唐宋三代，“中间千百余年而独无是非者，岂其人无是非哉，咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳”。（《藏书世纪列传总目前论》）李卓吾以其思想家的胆识，凭借犀利的笔锋，剥掉了孔夫子神圣的外衣，解除了六经、《语》、《孟》经典的包装，显露出其庸常的一面。
在冯梦龙的著作中，也有对孔子及其六经的嘲讽和否定。他在《广笑府序》中写道：“又笑那孔子这老头儿，你絮叨叨说什么道学文章，也平白地把好些活人都弄死。”提出了孔子道学杀人的主张，其激进程度不亚于李贽。在《太平广记钞》卷二十六《刘献之》条后，冯梦龙有评：“假使往圣不作六经，千载又谁知其少乎？”将六经视为可有可无典籍。
李卓吾在《答以女人学道为见短书》中，系统阐述他对妇女问题的看法。他说：“谓人有男女则可，谓见有男女岂可乎？谓见有长短则可，谓男子之见尽长，女人之见尽短，又岂可乎？”并对历史上有作为的女性，给予了极高的评价。与李卓吾一样，冯梦龙也肯定妇女的才智，在《智囊》中，专辑《闺智部》一卷，表彰古今才女。《闺智部?贤哲》总评曰：“谚云：‘妇智胜男。’即不胜，亦无不及。”这和李贽的男女见识无长短之别的主张何其相似。
李卓吾的文学观对冯梦龙的影响更大。李贽最根本的文学主张是“童心说”，他说：“夫童心者，真心也。若以童心为不可，是以真心为不可也。夫童心者，绝假纯真，最初一念之本心也。……天下之至文，未有不出于童心焉者也。”（《童心说》）在李卓吾看来，世上最优秀的文学作品，都是作家真情实感的表露。
李贽认为，真正出自“童心”的优秀作品是通俗文学，是戏曲小说。在《童心说》中，他推《西厢记》、《水浒传》为“天下之至文”。冯梦龙认为文学是作家性情的表露，他说：“文之善达性情者，无如诗，三百篇之可以兴人者，唯其发于中情，自然而然故也。”（《太霞新奏序》）冯梦龙所说的“性情”，主要是指情感，他也常用“中情”、“至情”、“真情”。
冯梦龙对通俗文学的推崇不亚于李贽。他说：“今虽委世，而但有假诗文，无假山歌。”（《叙山歌》）并亲手搜集、整理了《挂枝儿》、《山歌》等民歌集。他称《三国演义》、《水浒传》、《西游记》、《金瓶梅》为“宇内四大奇书”。编纂了大量的通俗文学，包括话本经典“三言”。