明朝永乐三年(1405年)六月十五日(公历7月11日)，郑和率领27800多人，分乘208艘木制帆船，由太仓刘家港出发，开始了持续28年之久的七次下西洋的壮举，因此而彪炳于史册。然而，关于他的家世，至今依然有争议。
《明史·宦官传》对于他的家世的介绍只有很简单的一句话：“郑和，云南人，世所谓三保太监者也。”从其他史料人们才知道，他本姓马，名三保，父亲名叫马哈只。
最有价值的史料是，永乐年间礼部尚书李至刚为他父亲所写的《故马公墓志铭》，提供了不少珍贵信息：一、“公字哈只，姓马氏，世为云南昆阳州人”；二、郑和是他的次子；三、马哈只“魁岸奇伟，风裁凛凛可畏”。李至刚曾参与《明太祖实录》的编修，朝夕在永乐皇帝左右，被视为亲信，和当时的内官监太监郑和关系密切。因此，他的记述，可信度极高。
很有意思的是，与道衍和尚姚广孝一样成为永乐皇帝亲信的袁姓相士，写了一本《古今识鉴》，其中有郑和身材举止的描写：“身长九尺，腰大十围，四岳峻而鼻小”，“行如虎步，声音洪亮”。这是亲历者的目击，绝非道听途说之词。这一点，酷似乃父—“魁岸奇伟”。
这样的长相，与他们的家世颇有关系。几十年来，现代史家根据马哈只墓碑、《郑和家谱》、《赛典赤家谱》的考证，马哈只、马三保父子，是元朝家、中亚布哈拉贵族赛典赤·赡思丁的后裔，也就是说，郑和是赛典赤的六世孙。那么，赛典赤何许人也？
《元史·赛典赤赡思丁传》说：“赛典赤赡思丁，一名乌马尔，回回人，别庵伯尔之裔，其国言赛典赤，犹华言贵族也。”这里所说的“回回人”，在元朝特指信奉伊斯兰教的阿拉伯人，是仅次于国族(蒙古)的“色目人”之一。
《元史》素称难读，参杂了各种语言，据精通阿拉伯语言的专家解释，赛典赤意为“尊贵的圣裔”，赡思丁意为“宗教的太阳”，乌马尔意为“长寿”，别庵伯尔意为领袖，“别庵伯尔之裔”专指伊斯兰教先知穆罕默德的后裔。如此说来，郑和应该是穆罕默德后裔的后裔。这种情况，在今天看来似乎不可思议，在当时却是司空见惯的。
蒙古三次西征，建立了横跨亚欧的大蒙古国，中外交往盛极一时，出现了前所未有的民族大融合，赛典赤·赡思丁成为元朝的咸阳王，并不离奇。
美国《百科全书》关于郑和的家世有简明清晰的介绍：15世纪初期的中国将领郑和，几乎于葡萄牙人乘船绕过非洲抵达印度一百年前，就率领海军对印度洋做过七次远征。郑和为一名去麦加朝圣过的伊斯兰(马)哈只之子，约在1371年生于云南省昆明，取名马三保。郑和家自称为一名早期蒙古的云南统辖的后代，并系布哈拉国王穆罕默德的后裔。马姓一个起源来自中文对穆罕默德的音译。
如此看来，中外学者在这一点上是不谋而合的，或者说是有共识的，郑和是赛典赤的后裔，父亲马哈只曾经朝圣麦加。永乐皇帝任命他领导下西洋的壮举，访问印度洋、阿拉伯、东非各国，是很有眼光的决策。
1988年，明史专家周绍泉对此提出质疑，他在《郑和与赛典赤·赡思丁关系献疑》一文中，对《赛氏总族谱》、《赛典赤家谱》、《马氏家乘》、《故马公墓志铭》、《郑氏家谱》进行了考证，对郑和是赛典赤·赡思丁后裔的说法，表示怀疑，认为“很可能出于中国人追祖名人的习惯心理，二者实无家系渊源”。
百家争鸣是学术研究题中应有之义，对成说提出质疑，表明这个问题还可以继续讨论，但不见得就可以推翻成说。不少学者并不认同周绍泉的考证。不少方面难以解释，例如，《故马公墓志铭》说，马哈只的祖先名叫“拜颜”，显然指中亚民族；又如前引美国《百科全书》关于郑和的文字，应该如何回应，都是问题。可惜周绍泉先生英年早逝，已经无法继续探讨这一问题了。
需要补充说明的是，郑和的姓是永乐皇帝所赐—“赐姓郑”，这个“郑”的由来，据说与郑村坝战役有关。燕王朱棣以“清君侧”名义发动叛乱，建文帝派耿炳文率兵30万前往北平讨伐。建文元年(1399年)十月，朱棣率兵奔袭大宁，意在合并宁王朱权的兵马，扩充实力。
代替老将耿炳文出任总指挥的李景隆(李文忠之子)，乘虚围攻北平。朱棣快速回师，在北平东面二十里的郑村坝，大败李景隆。朱棣为了嘉奖在郑村坝战役建立奇功的三保太监，“赐姓郑”，又提升他为内官监太监。不过，有的学者认为，“赐姓郑”，与郑村坝战役无关，没有特别含义。
已经成为世界名人的郑和，其家世至今依然众说纷纭，迷雾重重，探寻历史实在太难了。