降清之后,施琅被授为同安副将,迁总兵。康熙元年(1662年),施琅被任命为福建水师提督,1665年,封靖海将军。在京之日,他密切注视福建沿海动向,悉心研究风潮信候,每天在府内耐心等待朝廷起用。

1664年,刚刚降清的施琅就曾建议率兵“进攻澎湖,直捣”,使“四海归一,边民无患”。几年后,他又上《边患宜靖疏》和《尽陈所见疏》,强调只有迅速讨平才能使“民生得宁,边疆永安”。“当乘其(指郑氏政权)民心未固、军情尚虚”时,进军澎湖、,使“四海归一”。

施琅的主张提出后,康熙帝马上调他到北京面陈收复大计。但当时的清政府面临“三藩之乱”,再加上八旗精锐不善海战,朝中不少大臣认为海峡“风涛莫测,必难致胜”,不主张武力平台。

1664年前后施琅两次跨海征台未果,被康熙免去福建水师提督的职务,改授内大臣。在京期间,他一面继续上书征台,争取康熙帝的支持;一面广交朝中大臣,争取他们对统一事业的理解和支持。在内大臣任上,施琅一等就是13年。

1681年,长期主政的郑经去世。郑经死后诸子争位,郑氏家族内部矛盾激化。清政府也在这一年最后平定了“三藩之乱”,能够腾出手来考虑平台的问题。这是施琅复出的契机。

康熙深知平台不是一件易事,早在康熙十七年他就要姚启圣等遴选福建水师提督,条件“非才略优长,谙练军事不可。”据此,姚启圣就力荐施琅。

但此次重新起用施琅,却与施琅的同乡大学士李光地很有关系。据《清史稿》所记,康熙曾先后两次就福建水师提督人选征求过李光地的意见。第一次李答以施琅“海上路熟,海上事他亦知得详细,海贼甚畏之”。

第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见,他认为“计量起来还是施琅”。理由是施琅是“海上世仇,其心可保。又熟悉海上情形,其人还有谋略,为海上所畏”。在李光地的力荐下,几乎没有经过太多周折,康熙便谕命施琅为福建水师提督,加太子少保。

他赞扬施琅熟悉彼处地形、海寇情形,要“克期统领舟师进取澎湖、”。并认为如果不派遣施琅去,“所不能定”。施琅离京赴任前,康熙又语重心长地说:“尔至地方当与文武各官同心协力,以靖海疆。海氛一日,生一日不宁。尔当相机进取,以副朕委任至意。”

在姚启圣和施琅的同乡大学士李光地的极力举荐下,康熙帝再次召见了已年届花甲的施琅。施琅再次向康熙帝详细阐述了如何训练水师、如何利用风向变化等具体方略。康熙听后十分满意,令其即赴前线,操练水师,待机进取。