皇太极继位之初，后金面临的形势十分严峻。外部处境孤立，受到明朝、蒙古、的包围。内部由于贵族分权势力的矛盾，冲突日益严重。皇太极逐步建立国家统治机构，取代八旗制度所行使的国家权力。
满汉一体
天命十一年，皇太极继位后颁布《满汉别居令》，提出“治国之要，莫先安民”的主张，宣布“满汉一体毋致异同”，实行“编户为民”政策，下令将大多数汉民庄丁由庄田抽出，“分屯别居，编为民户”。汉民由农奴恢复为民户，即原有封建自由民身份，从而缓解了，社会逐渐得到缓和、安定。
发展农业
后金进入辽沈以后，不仅当地汉人从事农业，连满族也把农业作为本业了。皇太极爱惜民力，停止修城筑墙，为的是“专勤南亩，以重本务”。他下令，所有村庄田土，八旗既已稳定，以后就不要变更了。对庄民的财产及所养牛羊鸡猪等，都不准任意妄取。经过努力，农业有了较大发展，粮食基本上能够自给，社会矛盾得到缓和。
完善机构
天命、天聪年间没有监察机关，崇德年间皇太极成立了都察院，给他们稽察一切官员的大权。有清一代，满蒙的结合，早比满汉更紧密。为了处理蒙古事务曾设蒙古衙门，崇德三年（明崇祯十一年，1638年）六月又改为理藩院。合原有的六部、都察院，构成了有名的八衙门。皇太极任命满洲、蒙古、汉人担任承政，每部三人，以下皆参政。崇德三年（明崇祯十一年，1638年）七月更定八衙门官制，每衙门只设满洲承政一人，以下酌设左右参政、理事、副理事、主事等官，由二等变成五等。这就强化了以他为首的国家统治权力。
清兵入关前没有内阁的名称。但是皇太极统治下的清朝已初具内阁性质的内三院。天聪十年（明崇祯九年，1636年）三月，皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院。从文馆到内三院，虽任职者均为大学士、学士，但分工更明确了，有的负责编考历史，有的起草敕谕及注释古今政事得失，还有的向皇帝进讲。崇德以后内三院的大学士、学士们对皇太极的决策有了更大的影响。
建立清朝
天聪九年（明崇祯八年，1635年）十月十三日，皇太极下令改族名为满洲。天聪十年（明崇祯九年，1636年）四月，诸贝勒大臣以远人归服、国势日隆为理由，请求为皇太极上尊号，未允。同年四月五日，满洲诸贝勒、固山额真，蒙古八固山额真，六部大臣，孔、耿、尚，外藩蒙古贝勒及满蒙汉文武官员齐集。
多尔衮捧满字表、巴达礼捧蒙字表、孔有德捧汉字表各一道，率诸贝勒大臣文武各官赴宫门跪下，皇太极在内楼，御前侍卫传达，皇太极命满、蒙、汉三儒臣捧表入，诸贝勒大臣行三跪九叩头礼，左右列班候旨。三儒臣捧表至御前跪读，表中盛赞皇太极的文治武功，上合天意，下顺民情，请上尊号，一切仪物，俱已完备，只待赐允。皇太极听后同意，并发誓倍加乾惕，忧国勤政。消息由儒臣传出，众皆踊跃欢欣，叩头而出。第二天决定选择吉日四月十一日举行登极大典。届时正式祭告天地，受“宽温仁圣皇帝”尊号，建国号大清，实际是把后金改为大清，改元崇德。祭告天地完毕，在坛前树鹄较射。