王敦是琅琊王氏的重要人物，在永嘉之乱期间与王导、王旷等倡议南迁，并以扬州刺史的身份帮助司马睿在江东地区树立威望。他利用手中掌握的军队，统领甘卓、周访、陶侃等将领，先后扫平华轶、杜弢等势力，先后收取江州、湘州、荆州、广州等地，使得司马睿的势力范围由扬州一地发展到江南全境并最终建立东晋政权。
王敦在东晋建立后，都督六州军事，掌控长江中上游的军队，与王导一内一外，形成“王与马，共天下”的格局。他及后又以诛奸臣为名，起兵攻入京师，架空皇帝司马睿，尽掌朝政内外大权，将琅琊王氏的权势推向了巅峰
司马绍为了消除将士对王敦的畏惧之心，对外宣称王敦已死，只是以钱凤为讨伐对象。王导亦率宗族子弟为王敦发丧。晋军将士对王敦的“死讯”信以为真，登时士气大振。王敦大怒，遂以诛杀温峤等奸臣为名，再次举兵。他此时病势沉重不能领兵，便以王含为元帅，与钱凤、邓岳、周抚等率五万大军向建康进发，并暗示钱凤等在破城后杀死司马绍。沈充亦于吴兴起兵，直趋建康。
王含、钱凤等军水陆并进，很快便攻至建康，屯于秦淮河南岸。温峤移驻北岸，因宿卫兵力薄弱而所征边军尚未抵达，下令烧毁朱雀桥，与叛军隔河对峙。王导期间曾试图劝降王含，但未能成功。不久，司马绍出屯南皇堂，命将军段秀和中军司马曹浑等率数千甲卒，乘夜渡河袭击叛军，在越城（在今江苏省南京市）大败王含，斩杀其前锋将领何康。王敦闻败震怒，欲强撑病体亲赴前线督战，最终因病重乏力而未能成行。
王敦在重病之中愤恨交加，当日便死在姑孰军府，终年五十九岁。他临终遗命，让王应先即位称帝再为自己操办丧事。但王应却秘不发丧，只用草席包裹王敦尸身，外涂白蜡后埋于军府厅堂之中，而后便和诸葛瑶等纵酒行乐。与此同时，沈充亦进至建康城外，与王含等部会合。而刘遐、苏峻等部边军随后也都相继赶到建康。沈充、钱凤等认为边军远来疲惫“未堪攻战”，遂领兵渡过秦淮河，想趁虚击溃边军。他们虽一度攻至宣阳门外，但最终还是被边军打退。