在那一刻,盖黑斯·尤利黑斯·恺撒逃离庞培的追击,来到了埃及。克罗狄斯·托勒密十三世的部下伯狄诺斯将庞培杀害,并将他的头颅献给了恺撒,以此来讨他情分。然而,这并没有赢得恺撒的好感。而克利奥帕特拉七世也计划利用这次机会和恺撒结盟,以便夺取王位。她命令自己的侍女打扮成一个商人,将自己包裹在一床厚毯子中,然后到恺撒住处去寻找他。当时,她正值年轻美貌,惊人的外表以及机智善辩,让恺撒深受她的吸引。因此,他命令按照克利奥帕特拉七世母亲的遗言进行,即让她与自己共同统治。

随后,波希努斯发动政变,最终在亚历山大港战役中战胜,但在失败后被杀。克罗狄斯·托勒密十三世,在逃亡之际,也命其消失于无形。在恺撒征服了埃及之后,却未能将埃及纳入罗马帝国。他最终和 克利奥帕特拉七世一起死去,并有了一名女儿菲洛巴塔尔菲洛朱蒂卡,意为“小盖黑斯·尤利黑斯·恺撒”。同时,他还恢复了克利奥帕特拉七世的王位。

公元前45年,克利奥帕特拉七世和另一个弟弟托勒密十四世一起被邀请前往罗马,在那里他们受到极大的礼遇,被安排居住在第比罗斯岛上的恺撒私人住宅。在那里,恺撒履行了对她家族先祖尤 利乌斯特家族的一份誓言,为其建造了一座祭祀维纳神庙,并把她的黄金雕像放在女神旁边。这使得她似乎即将成为罗马世界上第一位女性领导者,但就在这个愿望即将实现的时候,加图、布鲁图等人刺杀了加屋士·儒略·凯萨克斯公元前44年3月15日。他本人的梦想瞬间破碎,不得不离开罗马。

返回埃及后,克利奥帕特拉七世毒死了弟弟托勒密十四世,并扶持自己的孩子作为托勒密十五世登基独自统治埃及,其子被宣称是阿蒙神之子。在这一时期内,在罗马,加屋士・儒略・凯萨克斯养子的继承人屋大维与安东尼分享权力局限。屋大维控制西部,而安东尼则掌控东部。当安东尼准备攻击叙底亚时,他向克里奧巴崔發出求援信件,以获取战争所需财富。但最终,他失败而死。