文德元年（888年）三月，昭宗即位时，他二十二岁，外表清秀、气质非凡。然而，他的时代不利于他的发展，朝中宦官干政，朝外藩镇割据称雄。朱温和李茂贞是两大强臣，他们对皇权虎视眈眈。十几年来，昭宗努力治理国家，但终究无力回天。
昭宗被劫后，朱温大怒，将军队派往攻打李茂贞，将凤翔围困得水泄不通。在军事上，朱温明显占据优势，而李茂贞多次派出部队作战均告失败，从此李茂贞退守在凤翔城内。尽管如此，朱温并未能攻下凤翔，只好继续进行长期的围困战术，这一策略虽然正确，但也极为耗费时间。
十一月时，一场激烈的攻防战爆发了，其中双方都进行了辩论。攻城的一方指责守敌为“劫天子之盗”，而守城的一方则反驳他们是“夺天子之匠”。这场战斗持续数日，最终因无法取得胜利而宣告结束，并转入长达数年的围困状态。在漫长的围困期间，不仅士兵和百姓饥饿至死，还出现了吃人肉的情况，“市中卖人肉，每斤价值百钱”（《资治通鉴》记载）。
为了避免更糟糕的情形发生，即使在宫中也设立了磨坊，让宫女们亲自从豆麦中提取面粉，以节省粮食。此法虽能延缓饥荒，但仍只能隔一日才有一次稀粥可食。而由于缺乏足够的食物，一些后妃和皇子纷纷牺牲于饥饿之下。
最令人心痛的是，即便如此堂堂的大唐皇帝，也只能忍受这样悲惨的人生。当时，有人甚至甘愿以生命换取昭宗能够活下去。这一切终于到了一个临界点，在天复三年（903年）正月，由于绝望与无奈，加上资源枯竭，无力再抗争的李茂贞最终同意通过昭宗与朱温议和。但条件之一就是必须将昭宗交给朱温作为筹码。这一决定标志着昭宗再次成为政治筹码，被迫随着势力的变化而变动，其结局悲惨地是在次年的八月被杀害，当时他只有三十八岁。
