王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律的缺失和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极致。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就在于强调这一观点。
在万历年的重臣们，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即使是当时的皇帝 万历自己，也只能选择无为而治。在这种文官集团体制下，改革者们每个人都有自己的特点，但最终大多数人遭遇革职或入狱这样的下场。这群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技进步以及商业发展都陷入停滞之中。文官与宦官之间权力的斗争，更是加速了大明王朝走向衰败的一步。
历史上，万历十五年的确是一年平凡无奇，只不过这个时候，一些容易被忽略的小事物发生了，其实它们背后隐藏着影响前后的因果关系，是历史上的关键所在。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》揭示了这个崩溃帝国悲惨命运，以及它如何最终消逝。
尽管黄仁宇已经深刻批评了中国以道德代替法律的情况——道德并非万能，不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝的一个特征便是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年开始，中国与西方之间的差距越来越显著！西方正在崛起，而东方则沉沦……