王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的这一年，不仅决定了许多事情的走向，也展现了中国封建王朝发展的一个重要阶段。传统上，人们描述明史时常提及“税重民穷”的状况，但黄仁宇认为，这种贫困问题并非主要源于国家赋税过重，而在于法律体系和政府效能的问题。在两千多年的历史中，以道德取代法制的情况到了明代达到了极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的是为了阐述这个观点。
在万历年间，一些显赫的官员，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们虽然各具特色，都以悲剧收场。甚至连当时的皇帝也只能采取无为而治的策略。这一切反映出体制内固有的惯性所带来的悲哀。每个人都有自己的成就，但他们尝试进行改革最终失败，大部分人遭受革职或入狱等下场。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技创新以及商业发展都陷入停滞状态。文官与宦官之间权力的斗争进一步削弱了大明王朝，使其变得脆弱。
历史上，万历十五年看似平淡无奇，但它隐藏着若干被历史学家忽视的小事件，这些事件尽管看似不起眼，却是导致更大事发生的关键因素也是未来可能引发动荡的机遇。这些因果关系正是历史研究中的核心问题。在《万历十五年》一书中，通过对几个关键人物的描绘，我们可以窥见这个衰落帝国悲剧命运，以及如何随时间消逝。
黄仁宇在这部作品中批判了中国以道德替代法律的情形——道德并不完美，它不能替代技术，更无法完全替代法律。他认为明朝之所以独特，就是依赖意识形态作为统治手段，将意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从1587年的那一刻起，中国与西方之间差距逐渐拉开。当西方帝国崛起之际，东方帝国开始走向衰败。
