王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府效能不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人的故事都是悲剧性的。在这种文官集团体制下，即使是皇帝自己，也只能选择袖手旁观。而这些文官们为了维护整个集团的利益，导致国家的武备、科技革新和商业发展都陷入停滞状态。一群文官对这个国家造成了不幸，因为他们对这个国家来说，是一个转折点，文官与宦官之间权力斗争更是让大明王朝走向衰败。
从历史上看，万历十五年的确是一种平常无奇的一年，只不过在那个时候，一些容易被忽视的小事发生了，这些小事看似不重要，但实际上却是以前的大事件所致之患，也是将来会引发动荡的机缘。它们之间复杂的情感因果关系，是历史研究的一个重点。在《万历十五年》中通过描述几个关键人物，我们看到这个即将崩溃帝国的悲惨命运，最终所有这些帝王将相，都被时间抹去。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻地批评了以道德代替法律——道德并非完美，不足以取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝特有的特征就在于“依赖意识形态作为统治工具;意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年起，从此以后，中国与西方之间差距越来越大！西方正在崛起，而东方则开始走向衰落！