近几年，几处一直被尘封的南京明故宫重要遗迹，经过整修之后，被辟为遗址公园。被长期误称为“西华门”的西安门是明故宫皇城的最西面的一道城门，由于整个皇城偏在南京城东南，西安门是进出皇城最方便的城门，故其使用频率较高。
西安门的规格很高，仅次于午门，门外有一座宽大的玄津桥（至今尚存），可见当年此门的重要。而修复之前，西安门长期被淹没在杂乱的现代垃圾建筑之中（一直作为某单位的仓库），经过考古挖掘之后，人们发现西安门的须弥座和午门的须弥座一模一样，都刻有典型明初风格的缠枝如意纹样，最北面的门券内还保留着明代的路面。
西安门一边的须弥座一直向南三十余米，可以推测出西安门当年规模较大，并且不与城墙在一条线上，整个城门向外凸出，估计当年东安门也有此类设计。1999年，在西安门以东不远的地方，某施工的单位无意中挖掘出一处遗址，仅存三座门券的须弥座和砖石路面，此处离与西安门在东西一条中轴线上，所以被确定为西华门遗址，至此真正的西华门终于被发现了。
在这条东西中轴线上，还有一座保存较好、与西华门相对应的东华门，这是仅存的一座宫城城门。东华门有明显的城墙拆断痕迹，仅存三孔门券。东华门过去长期被某厂圈占，成了垃圾堆，鲜有人知。
随着几座遗址公园的建成，大家终于可以一睹这几座昔日皇家城门的雄姿。西华门仅存的须弥座和东华门的须弥座一样，都为素面，没有午门和西安门那样的卷叶纹的雕饰，可以看出明故宫建设规划确实是细致合理、等级森严，什么等级的门配什么等级的装饰都有明确的规定，种种迹象表明，朱元璋要求简朴建宫殿的命令得到了充分的贯彻执行。
洪武十三年（1380年）正月，南京城内并没有喜庆气氛，而是寒气逼人，比天气更寒冷恐怖的是一场杀戮斗争。朝廷中皇权与相权的斗争已经有了结果，丞相胡惟庸终因谋反被朱元璋诛杀，其党羽及受牵连的人共有三万多人被杀，朱元璋由此废除了已有千年历史的宰相制度。
在“胡惟庸案件”发生了十年后，朱元璋最终下了决心，以李善长有知情不报，左右观望的过错，赐死李善长。77岁高龄的李善长在家里自缢而死，李善长全家七十多口人全部被杀。至此，在朝中因与皇帝同乡而占优势的淮西集团彻底被粉碎了，昔日大明帝国的开国元勋已基本被清除干净了。而当年一起负责中都营建的汤和，就比较聪明，早早的要求隐退，离开京城这个是非之地，终得善终，他的墓现在还在离中都城不远的地方。
朱元璋杀戮功臣已经成了他晚年生活的主要内容，“胡蓝之狱”总共牵扯被杀的人达四万五千多人，南京皇宫俨然成了一座阴森恐怖的死亡宫殿，很多官员上朝都提心吊胆，生怕自己被什么案件牵扯而遭治罪。据说，每次上朝，官员们如果看到朱元璋把玉带卡在肚子以下，就表明皇帝当天要杀人了，一个个都吓得面无人色，两腿发软；如果玉带高挂在胸前，就表明皇帝今天情绪不错，不会杀人。
“胡蓝之狱”期间，有些官员上朝之前甚至和家人诀别，嘱咐后事，如果侥幸平安归来，全家人都要庆贺一番。