1607年，廷机屡遭权奸攻击，杜门不出，旋辞官归里，身无长物。万历三十四年，李廷机受皇帝赏识，入内阁，但同时也受到朝廷内外的反对，直到万历四十年(公元1611年)不得已而致仕。 1616年卒，谥“文节”，入祀学宫。著有《四书臆说》、《春秋讲章》、《通鉴节要》、《性理删》、《燕居录》、《李文节文集》等。
李廷机贡入太学，顺天府(今北京)乡试第一。万历十一年(公元1583年)，会试复第一，以进士第二授编修。累迁祭酒，历任南京吏部右侍郎、礼部右侍郎、礼部尚书、东阁大学士。万历四十年(公元1611年)九月晋太子太保致仕回籍，居四年卒，受赠少保，谥“文节”。