“三藩”是指吴三桂、尚可喜、耿精忠。明清之际，吴三桂、尚可喜和耿精忠的祖父耿仲明，趁明朝土崩瓦解之机，先后率所部降清，均被封为王。当清军于顺治年间南下时，他们又充当了先锋，与清军共同消灭了南明王朝及农民军余部。之后，吴三桂、尚可喜、耿精忠受命分别留镇云南、广东、福建。这样，到康熙元年（1662年），吴、尚、耿便成为各据一方的藩王势力，世称三藩。
削平三藩
康熙十二年（1673年）三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子尚之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。七月，吴三桂假装请旨撤藩，康熙帝同意。同年十一月，吴三桂在云南提出反清复明，杀云南巡抚朱国治。并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省丢失，一时间清帝国危在旦夕。随后，陕西提督、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
康熙帝的对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会；而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化敌军，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命安亲王岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手重用汉将、汉兵作战。康熙十五年（1676年），陕西和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。广东的尚之信也于康熙十六年（1677年）投降。陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削。而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。康熙二十年（1681年）冬，清军攻破昆明，吴世璠，三藩平定。
统一
平定三藩之乱后，将纳入版图又被提上日程。恰逢康熙二十年（1681年），郑成功之子郑经去世，内部发生，年仅12岁的郑克塽继任延平王之位，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握。郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。福建总督姚启圣认为是进湾的好时机，向康熙帝推荐施琅。
康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，出兵，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，随后明郑纳土归降。康熙二十三年（1684年），清政府在设一府（府）三县，即县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并在设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对的管辖，促进了经济文化的发展。