黄帝活动在石峁所在的陕北黄土高原是史有明言的，那就是《史记》、《汉书》有关黄帝的陵墓在距石峁不远的陕北子长一带的记载。《史记·五帝本纪》称：“黄帝崩，葬桥山”，《索隐》引《地理志》说：“桥山在上郡阳周县”。查《汉书·地理志》，其上郡阳周县下确实记有“桥山在南，有黄帝冢”的字样，阳周即今陕北子长县，当今陕西黄陵县以北偏东三四百里的地方。除此之外，《汉书·地理志》上郡肤施县下还记载其地“有黄帝祠四所”，肤施即今陕西榆林，在子长县北，毗邻石峁所在的神木市高家堡。既然石峁附近的榆林、子长一带有黄帝的冢墓，还有人们祭祀黄帝的祠堂，则黄帝生前和他的部族在此一带活动是无可否认的。
同时,依据《潜夫论·志氏姓》、《列子》、《山海经》《大荒西经》、《左传·成公十三年》、《国语·晋语四》、《国语·齐语》等典籍分析,认为不仅黄帝后裔白狄在陕北地区活动，黄帝部族的直接后裔周人的也都在陕北活动。
最后，沈长云教授再次强调，根据考古专家发现石峁古城的年代为龙山晚期至夏代早期阶段，正与黄帝活动的时间大体相当，由此更能确定石峁古城为黄帝部族所居。
质疑的声音
《光明日报》国学版（2013年4月15日第15版）刊发了烟台大学人文学院陈民镇先生《不要把考古与传说轻易挂钩》一文，认为把石峁古城直接与黄帝挂钩，至少是与一般的记载相冲突的。
石峁古城有没有可能是黄帝后裔的居邑呢？在传统的古史观念中，黄帝与尧舜等都是一脉相承的，属于徐旭生先生所说的“华夏集团”。
石峁古城的始建年代为距今约4300年，相当于“龙山时代”。过去一般将“龙山时代”的年代定为距今4600年至4000年，“中华文明探源工程”的最新研究结果表明，“龙山时代”的上限在距今4300年，良渚文化的下限在距今4300年以前。
如果同时代山西襄汾的陶寺古城与尧舜有关，那么陕北的石峁古城是否便是黄帝部族的居邑呢？这便涉及到黄帝的时代问题。《路史·发挥》卷三引《竹书纪年》：“黄帝至禹，为世三十。”如果这一记载有一定的根据，再结合《说文》中一“世”三十年的记载，黄帝到大禹之间间隔了900年。结合“夏商周断代工程”关于夏代始年的认识，黄帝的年代距今约5000年，实际上这也是通常人们对黄帝时代的认识。如果石峁古城直接与黄帝有关，至少是与一般的记载相冲突的。