明太祖分封诸子为王，以加强边防，藩屏皇室。诸王之中，以北方诸王势力较强，又以秦王朱樉、晋王朱棡与燕王朱棣的势力最大。
背景
为防止朝中奸臣不轨，明太祖规定诸王可移文中央捉拿奸臣，必要时得奉天子密诏，领兵“靖难”（意为“平定国难”）。同时为防止诸王尾大不掉，明太祖也允许今后的皇帝在必要时可下令“削藩”。
1398年明太祖驾崩，由于太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，年号建文，即明惠宗（亦称建文帝、明惠帝）。明惠宗为巩固皇权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被杀。同时以边防为名调离燕王的精兵，准备削除燕王。结果燕王朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，最后迂回南下，占领京师，是为靖难之变。朱棣即位，即明成祖，年号永乐。明惠宗在宫城大火中下落不明。
过程
朱允炆继位后开始削藩。在削藩顺序上，齐泰认为应先削实力最强的燕王，时户部侍郎卓敬亦上疏请改燕王封地于南昌；但黄子澄反对，认为燕王有功无过，为了争取支持，应该先找有问题的亲王下手。惠帝支持黄子澄，遂先后废除五位亲王。
洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王呵成一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化[4]（今云南巍山）。
建文元年（1399年）四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王柏惧，无以自明，阖宫焚死；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州。
存在问题
削藩既无计划（如一月之内连削三王），又缺乏妥善的善后处理；加之惠帝本人刚刚登基，削藩速度过快，导致人心浮动。
捕风捉影，导致地方有人告变邀功（如周王次子有爋仅十岁，惠帝便以其言削周王；湘王被人诬告谋反，无以自明，遂）。
过于急躁，削废并进，激化矛盾。废藩将统治阶级内部矛盾激化为敌我矛盾，给予藩王的理由。汉七国之乱、晋八王之乱均非因置藩本身引起变乱，而是中央的削藩引发既得利益者抗争。即使是七国之乱后，汉武帝也不是直接废藩，而是颁布《推恩令》来逐步削减。
掩耳盗铃，放还燕藩三子。朱棣的三个儿子当时（建文元年五月）都在南京，本可作为人质，黄子澄说不如放回北平，以麻痹朱棣；但实际上当时已经削去四位藩王，可谓掩耳盗铃。
重文轻武，罔顾军事。朱允炆本身毫无作战经验，且因太祖大杀灭元功臣，致太孙能重用者均为文官儒生。以当时外患仍频的明朝而言（明蒙战争直到隆庆、万历年间才逐渐停止），就本身完全无作战经验及兵法素养的惠帝来说，中央没有合适的统兵将领，贸然削藩并非治国良策。后来事实也证明，方孝儒等大臣确无保家卫国之作战能力。而且，削藩的同时，惠帝也进行改制，大幅提升文官地位（如升六部尚书为正一品），造成武将不满，或多或少对惠帝的政策实施有不良影响。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩镇与朝廷开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的诸王之首。而皇帝与朱棣之间的博弈亦逐渐走向明处，变得更加激烈。