石蕴三的生平与樊锥同辈，皆是清朝末年拔贡出身。在戊戌变法时期，湖南巡抚陈宝箴倡导新学，设立了时务学堂、南学会、时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常及石蕴三等人都参与了这些活动。变法失败后，陈宝箴等被革职，而石蕴三等人则遭通缉，他们不得不躲藏在山间以避免追捕。
光绪二十六年（1900年），他们参加了唐才常领导的汉口起义，但最终因追缉而逃至上海。在那里，他们得到了蔡锷的帮助，并于光绪二十九年（1903年）留学日本。初入弘文师范学校后，又转入法政大学深造。在三年之后，即宣统元年（1909年），他加入了同盟会，以“苍石”为笔名表达其反清之志。
回国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织成立湘学会，为推动学生反清运动做出了努力。他还曾在马邻翼和谭心休创办的邵阳中学堂担任教务长，同时在禹之谟创办的唯一学堂兼课讲授。此后，因禹之谟受牵连入狱，他又逃至上海，在中国公学继续学习。
宣统三年（1911年），广州起义失败后，他愤慨万分，不畏牺牲地撰写挽联：“鲁仲连不为秦王臣，无异爱民民自爱；屈大夫魂游楚宫中，生者死亦死如生。”辛亥革命胜利后，他受到黄兴和宋教仁等人的劝说进仕，但最终未就职。
袁世凯称帝后的第四个五 年（1915年），他支持云南起义反对袁世凯，并且多次拒绝政府提出的官职。直到1927年的“一二八事变”，他的作品几乎全数被焚毁。当日本侵略军逼近长沙时，他辞去职位隐居山村，与世隔绝，用书贴门联表达自己的愤慨：“乱过更无安静土，无余犹有断残书。”
抗战结束后的1948 年7 月，由于病重，他接受湖南省政府顾问一职，以补贴生活费用。但就在一年之后，便离开了人世。他的传记也收录于《人物大辞典》中。这段复杂多彩的人生，也让我们更加珍视知识分子的精神和对国家命运关怀的心灵力量。