石蕴三，曾与樊锥并肩前清拔贡之士，在戊戌变法时期，与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人齐聚湖南，积极推动新思潮。随着变法的失败和个人遭受通缉，他们不得不隐匿于山间以避祸。在光绪二十六年（1900年），石蕴三参与了唐才常领导的汉口起义，但因事迫于逃难，得蔡锷资助前往日本留学。
在日本期间，他先后入弘文师范和法政大学深造，并于光绪三十一年（1905年）加入同盟会，以“苍石”自号，表达其反清复明的决心。归国后，他担任船山学社社长，创办湘学会，并鼓励学生进行反清活动。在次年的长沙，他与谭心休、马邻翼共同创办了驻省中学堂，并在禹之谟开设的唯一学堂兼课。但随着禹之谟被捕，他又逃往上海继续教学。
宣统三年（1911年）的广州起义失敗後，一批志士殉难，而他则愤慨至极，不畏牺牲。他著名的一幅挽联：“鲁仲连，义不帝秦；君不爱民民爱国。”辛亥革命之后，当黄兴等人劝他就职时，他却坚辞不就。
袁世凯称帝后的1915年，由云南起义的蔡锷请他回湘协助抗议，这一行为显示出他的政治立场。当刘人熙成为湖南都督时，他主持行政工作，但最终拒绝接受政府职位。1927年的“一二八”事变中，其作品几乎全数被毁灭，而1938年的长沙大火也夺走了部分遗存。在战争末期，由于病重而辞去教授职位生活在乡间。他直到1948年7月才逝世，其生平成就见证了一个时代的人物。