石蕴三的生平与樊锥相似，他们都是清朝末年被录取为秀才。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导改革，成立了时务学堂、南学会和时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭到通缉，他们不得不躲藏在山间以免被捕。在光绪二十六年（1900年），他们参加了唐才常领导的汉口起义，但最终因追缉而逃至上海，并得到了蔡锷的资助。在二十九年（1903年），他前往日本留学，在弘文师范学习，然后转入法政大学。在三年后，他加入了同盟会，以“苍石”自号，以表达反抗清朝政府的决心。
返回中国后，他担任船山学社社长，并组织建立湘学会，鼓励学生进行反清活动。在次年的长沙，他与其他人共同创办了邵阳中学堂，并担任教务长。此外，他还在禹之谟创建的唯一学堂（广益中学前身）兼职教授。但是，当禹之谟被捕后，他避难于上海并继续教学于中国公学。宣统三年（1911年）的广州起义失败之后，有七十二名革命者牺牲，而他对此感到愤慨，不畏死地写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君不爱民，民爱国家。”辛亥革命成功后，一些政治领袖包括黄兴和宋教仁劝他出仕，但他拒绝。
四年后的袁世凯称帝时期，由云南起义的蔡锷让他提前一年回到湖南省准备反对袁世凯。他在五年的某个时候成为教育部长范源濂聘请的人选，被任命为总纂官，此时他的著作《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》开始出版。随着时间推移，他又回到了船山学社担任社长并教授湖南大学课程。他还撰写了一系列书籍，如《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象哲理观》、《曲台十论》，以及《说文匡邪》，这些作品都由上海出版。不过，在一二八事变中，这些作品在日本飞机轰炸中丢失，无一幸存。而保存在湖南省内的副本，也在1938年的长沙大火中烧毁。
面对日军侵略者的威胁，当他们撤离到西迁中的地方时，因为已经老迈，所以辞去了工作，在家乡的小村庄里生活下来。他用门联来表达自己对于乱世无安居之感：“战乱过后的土地再没有宁静的地方，只有残余书卷断送天涯”，这也体现出了他的愤慨。战争结束之后，即使病重且瘫痪，也受聘为湖南省政府顾问，以补贴自己的药费直到去世。
截至最后一次更新，《人物大辞典》的版块中记载着他的传记。
