石蕴三的生平与樊锥相似，他们都是清朝时期的拔贡生。在戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，成立了时务学堂、南学会和时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭到通缉，他们不得不躲藏在山间以免被捕。
光绪二十六年（1900年），他们参加了唐才常领导的汉口起义，但最终因追缉而逃至上海。在那里，他得到了蔡锷的帮助，并于光绪二十九年（1903年）留学日本。最初他在弘文师范学习，然后转入法政大学。在那里，他加入了同盟会，并自称“苍石”，表达其反清的心志。
回国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织了湘学会，以鼓吹革命思想。他还策动学生进行反清行动。在长沙，他与谭心休和马邻翼共同创办了一所中学堂，并担任教务长。此外，他还在禹之谟创办的唯一学堂兼课。但是，当禹之谟被捕后，避难上海并授课于中国公学。
宣统三年（1911年），广州起义失败后，他深感愤慨，不畏牺牲地写下挽联：“鲁仲连，义不帝秦，君不爱民民爱国；屈大夫，魂游列楚，生者如死死如生。”辛亥革命成功之后，他虽然受到黄兴、宋教仁和李燮和的劝说进入政治界，但他拒绝出仕。直到袁世凯称帝为止，即4年（1915年），他一直保持这一态度。
6年（1917年），范源濂任教育部长，便聘请他担任总纂编辑。他著有多部书籍，如《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等，在上海出版。不过，由于“一二八”事变以及1938年的长沙大火，这些作品都遭到了损失，只剩下一些残卷保存下来。抗战胜利后的最后几岁里，由于病重他的生活变得困难，最终在37岁去世。
