明初洪武年间，明军在北方设立了多个军事据点，以巩固边疆安全。这些重要的防御设施包括亦集乃旧城、镇番卫、宁夏卫、东胜卫（者者口守御千户所）、开平卫（兴和所）、大宁卫、安东卫及吉林船厂。朱棣即位后，将许多北平行都司中的山后地区除开平外，以及丰洲滩东胜卫所等，全部废除。但永乐帝依然对这些地区进行巡逻和控制。
到了宣德时期，朱瞻基内迁并撤销了亦集乃旧城、开平卫、兴和所以及吉林船厂，这些措施导致了明朝边防出现了一定的漏洞。面对游荡于河套地区的脱欢人马以及南逃的阿鲁台，朱瞻基采取了抚谕政策。而对于受到阿鲁台打击而南迁放牧的兀良哈部落，他给予默许；对于被袭击后向东走的海西女真，也表现出漠视态度；同时，对于驱逐瓦剌的明军士兵，他则是以呵斥来回应。
随着明朝前期从阴山边疆撤离后的蒙古草原内乱者的失败，他们不再选择北上，而是转而选择向南移动，最先进入这一区域的是在与瓦刺战争中失败后的鞑靼阿鲁台。这次事件促使明宣宗考虑到以夷制夷的心理，便默认鞑靼占据阴山南疆的事实，从而促进了明朝与蒙古之间边界线得以清晰划定。在瓦刺与兀良哈压力下，剩余的一部分鞑靼残部沿着大青山、乌拉山和狼山，不断西移至甘肃境外，从此彻底打开了阴山边疆，使其成为蒙古各部族往来的通道——阴山走廊。
通过这系列管理措施，无疑为后续历史上的稳定环境奠定了基础，但也暴露出了当时中国中央政府在国土管理方面存在的问题。