王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律缺失和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极致。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。
在明朝万历年间，那些显赫一时的大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有着各自的特点，努力想要改革，但最终都以悲剧收场。大多数人甚至遭遇了革职或入狱这样的下场。这一切反映出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。这些文官为了维护整个集团的利益，让国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。文官与宦官之间权力的斗争，更是使得大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一年平凡无奇，只是在这一年的时间里，有若干容易被忽略的小事发生，而这些小事看似不起眼，却实际上是造成后续重大事件发生的一个关键因素。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个没落王朝的人类悲剧命运，最终，这些帝王将相所追求的一切，都化为泡影。
虽然黄仁宇在书中已经深刻批评了中国以道德代替法律这种做法——道德并非无能，不仅不能取代技术，更无法完全替代法律。他认为，明朝之所以特殊，是因为它依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国每一个角落，无论强度还是广度，都达到前所未有的水平。
从那一年开始，即1587年起，中国与西方之间的差距就越来越大了！西方正在崛起，而东方则开始走向衰退！