王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府效能不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人的故事都是悲剧性的。在这种文官集团体制下，即使是皇帝自己，也只能选择无为而治。这让我们看到了一个强大的体制惯性所带来的悲哀。他们虽然有各自的特点，且试图进行改革，但最终都失败了。大部分人甚至遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家的武备、科技进步以及商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始。而文官与宦官之间权力斗争，更是加速了大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确只是平凡的一年，只不过，在这一年里，有一些容易被忽略的小事件发生了，而这些事件，看似不起眼，却实际上成了以前大事产生问题也是将来会引发波澜的问题。这其中因果关系，是历史上的关键所在。在《万历十五年》这本书中，我们通过对几个关键人物的描述，可以看到这个即将崩溃的大帝国悲剧命运，以及它如何最终消逝。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇已经在《万历十五年》中批判得很透彻——道德并非无敌，不足以取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个显著特征，就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论从深度还是广度，都达到了前所未有的高度。
从那时候开始，中国和西方之间差距越来越大！西方正在崛起，而东方则开始衰落！