王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，这恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都包含了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。
明朝万历年间的一位重臣张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，无一例外地以悲剧收场。即使是万历自己，在这种文官集团体制之下，只能采取一种被动的统治方式。由此可以看出，由于强大的体制惯性所带来的悲哀。这群文官每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，他们尝试进行改革，但最终失败，大部分人还遭遇革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家的武备、科技革新和商业发展陷入停滞状态。而文官与宦官之间权力的斗争更是让大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一种平常见证，只不过这一年里，有若干个容易被忽视的小事件发生，它们看似不起眼，却实际上却隐藏着以后的大事变迁，是将会掀起波澜的情景。在这些事件之间因果关系错综复杂，就是历史上的重点。而《万历十五年》通过对几个关键人物的描述，展现了这个没落王朝悲剧性的命运，最终证明这些帝王将相所创造的是什么？
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经做出了批评——道德并非无能，不足以替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝的一大特征就在于它依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到前所未有的程度。
从那开始，即便是在西方帝国崛起之际，我们看到东方帝国逐渐走向沉沦。