王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，1587年，也就是万历十五年的发生了很多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，没有任何值得一提的事件。但正是在这一年，中国封建王朝发展达到了一个十分重要的阶段。
过去关于明史的叙述几乎都包含了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律和政府管理能力不足。中国两千多年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是为了说明这一观点。
明朝万历时期的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都各有特点，努力改革，但最终失败，大部分人甚至遭受革职或入狱的下场。一群文官为了维护整个集团的利益，使国家武备科技革新商业发展陷入停滞。文官集团统治让他们对这个国家来说，是一种不幸之始，更是导致大明王朝衰败的一个关键因素。
历史上，万历十五年虽然平凡无奇，却也是几个容易被忽视的小事件发生的一年，这些看似微不足道的事实，却是以前大事产生问题，也预示着将来会引发动荡。这其中因果关系恰恰成为历史重点。通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展示了这个没落王朝悲剧命运，最终这些帝王将相所遗忘的事迹。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批评——道德并非完美，无法取代技术，更无法完全取代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从1587年的那一刻起，就开始显现出中国与西方之间差距不断扩大的趋势。西方帝国正在崛起，而东方帝国则逐渐走向衰落。