王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不是国家赋税过重，而是法律和政府管理能力不足。中国两千多年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一点。
在明朝万历年间，那些重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有各自的特点，闪耀着光芒，都试图进行改革，但最终失败，大部分人甚至遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技革新以及商业发展都陷于停滞。文官集团的统治让他们对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团之间夺权更是使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一个平凡的一年，只是在这一年的时间里，有一些容易被忽视的小事发生了，却又关系到前后的大事件，以及将会在以后引起巨大波澜的事物。这其中因果关系，是历史研究中最关键的地方。《万历十五年》通过描述几个关键人物，看到了这个崩溃帝国悲剧命运，最终这些帝王将相所做的一切都会消逝于历史长河之中。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了中国以道德代替法律——道德非能解决一切问题，更不能替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝的一个特征就在于“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的程度。”
从那一刻起，即1587年的某一天，一种差距开始显现：西方正在崛起，而东方正在衰落。这本书揭示了一个残酷的事实：文化与科技之间存在无法跨越的鸿沟。在那个时代，对待知识和创新缺乏开放的心态，让东方帝国逐渐失去竞争力。而那些试图改变局面的改革者们，最终只能望洋兴叹，因为他们所处的是一个阻碍变革和进步的大环境。