王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，它正是中国封建王朝发展的一个非常重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府低效。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点，而他写作《万历十五年》的目的也是为了说明这一观点。
在明朝万历年的高级官员，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都有自己的特点，都试图改革，但最终都以失败告终，大多数人还遭受了革职或入狱等惩罚。一群文官为了维持整个集团的平衡，使国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团之间的权力斗争更是使大明王朝走向衰败。
从历史上看，万历十五年只是一个平凡的一年，只不过在这个时候，有一些容易被忽视的小事件发生了，它们虽然看似不起眼，却是导致后来大事发生并引发波澜的关键因素。在《万历十五年》一书中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个帝国末日所展现出的悲剧命运。历史最终让这些帝王将相所做的一切变得无关紧要。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经批评得很透彻地指出了中国以道德代替法律的问题——道德并非万能，不可以取代技术，更不可取代法律。他认为，明朝特征之一就是依靠意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
从那一刻开始，中国与西方之间差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国则开始衰落！