他是濮州人氏，曾作全真先生，学得一身妖法，善使流星锤，神出鬼没，人称混世魔王。他占据徐州沛县芒砀山，与八臂哪吒项充、飞天大圣李衮一同打家劫舍。归顺梁山后，他三人在芒砀山聚集有三千兵马，扬言要吞并梁山泊，但结果被朱贵探知，最终败退六七十里。
樊瑞虽会妖法，但却不识阵势。他让项充、李衰攻阵，而自己在外作法协助，却大败而回。项充、李衮都被梁山军生擒，但二人因宋江以礼相待，便投降梁山，并提出留下一人为质。宋江却将二人全部放回，并未留质。樊瑞见宋江义气深重，便下了决心，不再逆天行事，遂投降。
公孙胜应宋江之请，将樊瑞收为徒，并传授他五雷天心。大聚义时，他与雷横一同把守山前第一关。在排座次时，他排第六十一位，为步军将校。在两赢童贯时，他率领五百步军，与李逵、项充、李衮共同南征北战，有战功可观。
征讨辽国时，他与其他英雄们一起推入辽军中军，用雷车协助攻破太乙混天象阵；征讨田虎时，他镇守壶关；征讨方腊时，他斩杀苏州守将邬福；睦州之战中，他的乌龙天将战败金甲神人。
平定江南后，被封为武奕郎和都统领，“管军管民，省院听调”。但他不愿做官，便与朱武一同做了全真先生，以云游江湖的名义去投公孙胜出家，以终天年。这就是关于古代名人的长篇故事中的樊瑞——一个虎头蛇尾的人物，也是少数结局极好的梁山好汉之一。
