他曾是濮州人氏，早年学得一身妖法，善使流星锤，神出鬼没，被称为混世魔王。樊瑞占据徐州沛县芒砀山，与八臂哪吒项充、飞天大圣李衮一同打家劫舍，但最终被朱贵探知而归顺梁山。
樊瑞三人在芒砀山聚集有三千兵马，扬言要吞并梁山，却被宋江识破。史进主动请缨率军征讨，最终败退六七十里。公孙胜见山上都是青色灯笼，便在下摆八阵图辅以五雷天心，大败樊瑞。
樊瑞虽会妖法，但不识阵势，他让项充、李衮攻阵自己在外作法协助，最终大败而回。项充、李衮被擒后，因宋江义气深重，便投降梁山，并提出留下一人为质。但宋江却将二人全部放回，并未留质。
樊瑞见宋江义气深重，不愿逆天行事，所以下山投降。公孙胜收下他为徒，将五雷天心传授给他。大聚义时，樊瑞与雷横一同把守山前第一关，其排位第六十一位担任步军将校。
两次童贯时，他与李逵、项充、李血一同率领五百步军作为先头部队南征北战。他参与了征讨辽国和方腊的战争，都颇有战功。在征讨方腊时，他斩杀苏州守将邬福。在睦州之战中，他与包道乙对峙，用妖法变出乌龙天将，最终战胜金甲神人。
平定江南后，被封为武奕郎、都统领，“管军管民，省院听调”。但他不愿为官，便与朱武一起做了全真先生云游四海，以终其身命。此外，还有一些关于他的故事，如《水浒后传》、《残水浒》等，其中一些情节是原著以外的创作。此外，在不同的版本和改编作品中，有的人物形象也发生了变化，如《新水浒传》中的刘章印饰演的樊瑞，而2012年的电影《混世魔王樊瑞》则由卢海华饰演这个角色。