汉朝的军事领导体系在其一千多年的统治期间经历了不断的变化和发展。从初期实行与民休息政策，减轻百姓负担，到武帝时期强化中央集权，加强对军队的控制，再到东汉时期地方割据势力的崛起，每个阶段都有其独特的制度安排和战略调整。
在中央层面，汉朝最初实行三公九卿制，其中丞相辅佐皇帝处理国家大事，而太尉则是最高武职，负责军事事务。不过，这两者并没有直接参与命令下达。在地方层面，郡国并行，每个郡由太守管理，他不仅是地方最高行政长官，也掌握着兵权。而在更小的单位，如县里，由县令兼理军政，并设有县尉协助处理军事事务。
随着时间的推移，大司马的地位越来越重要，他们参与宫廷决策，并在战争中指挥大军。大司马与丞相、御史大夫共同构成了“四府”，成为实际上的朝政决策者。此外，还有一套监军制度，以确保皇帝能够了解远征中的情况。
然而，在后来的岁月里，一些问题开始浮现。外戚掌控兵权，不断干预政治；地方刺史拥有大量权限，有时甚至导致割据；而东汉末年频繁发生农民起义和战争，使得整个国家陷入混乱之中。