王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展的一个重要节点。
过去的明史叙述中，“民穷”的说法几乎遍布，但黄仁宇提出了不同的看法，他认为国家赋税过重并非民穷的根本原因，而在于法律与政府效能问题。自古以来，以道德代替法制的现象，在明代达到了极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的初衷，就是要阐述这一观点。
在万历年间，明朝中的重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历帝自己，在这种文官集团体制下，只能采取无为而治的态度。这一体制惯性带来的悲哀，让人深感历史之苦难。在他们每个人的身上，都闪耀着改革的光芒，但最终都以失败告终，大多数还遭受革职或入狱等厄运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。文官集团统治确实给大明王朝带来了不幸，宦官们夺权更是加速了帝国崩溃。
在历史长河中，万历十五年的确平凡无奇，却隐藏着若干容易被忽视的小事件，这些事件虽然看似微不足道，却成为了前事后果以及未来风云变幻的关键。此类因果关系，是揭示历史重点所需探讨之处。通过对几个关键人物的描绘，《万历十五年》展示了这个走向衰败的大帝国命运，最终历史让这些帝王将相成为尘土。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已对中国以道德代替法律进行了深刻批判——道德非但不可取代技术，更不能代替法律。他认为，明朝特征在于“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到前所未有的水平。
从那一刻起，即1587年的万历十五年开始，一边是东方帝国渐行渐远，一边是西方新兴力量日益壮大。这一年标志着东西文化差距逐渐拉开，从此两岸风雨飘摇，每一步皆充满挑战与危机。