王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展过程中的一个关键时期。
在过去的明史叙述中，常见的观点是“税重民穷”，但黄仁宇提出了不同的看法，他认为国家赋税过重并非民穷的根本原因，而在于法律和政府能力不足。在两千年的中国历史中，以道德取代法制的情况到了明代达到顶峰，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的是为了阐述这一观点。
万历时期的大臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历帝自己，在这种文官集团体制下，只能采取守守权威的态度。这一体制惯性带来的悲哀，让人看到强大的组织结构对国家发展产生了阻碍。每个人都各具特色，闪耀着希望，但他们试图进行改革，最终失败，大多数人还遭遇了革职或入狱等命运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展陷入停滞。不幸的是，这种文官集团的统治成为大明王朝衰败的一个开始，而宦官与文官之间权力斗争更是加速了帝国崩溃。
历史上，万历十五年的确平静而无足轻重，但在这一年里发生了一系列容易被忽略的小事件，它们看似不重要，却实则触及了前事后果，是未来变动之机缘。这些因果关系恰恰成为了历史研究的重点。通过描述几个关键人物，《万历十五年》揭示了这个衰落帝国悲惨命运，最终连那些帝王将相也无法挽回。
尽管对于中国以道德替代法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批评——道德远非完美，不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的水平。
从那时候起，即1587年起，就开始展现出中国与西方之间日益扩大的差距！西方帝国正在崛起，而东方帝国则走向沉沦！