明朝覆灭的根本原因，首先在于政治腐败。自明太祖朱元璋建立政权以来，中央集权制度逐渐僵化，官员选拔和任免过程中存在严重的人事争斗与贪污腐败现象。随着时间的推移，这种不良风气日益严重，最终导致了国家治理能力下降。
其次是军事衰弱。由于长期战争对经济造成巨大压力，加之战乱频繁，国库空虚，兵力消耗殆尽。同时，由于缺乏有效的军事改革措施，以及将领之间的权力斗争，使得国家防御能力不断下降，对外交联合作用失效，最终成为亡国之因。
此外，不断发生的一系列天灾也为明朝灭亡埋下了伏笔。大规模的地震、洪水、瘟疫等自然灾害导致农业生产受损，大量人口死亡，再加上饥荒和疾病普遍流行，全民皆遭苦难，无疑进一步削弱了国家的整体实力。
另外，一直以来的封建主义和阶级矛盾问题也是影响深远的一个因素。在封建统治下的社会结构固化，同时农民起义不断爆发，如李自成领导的大顺起义最终成功攻陷北京，将皇帝赶出了紫禁城。这表明内忧外患双重夹击下，明朝已无法维持稳定。
再者，从文化教育角度来看，在清初之前中国文化已经处于一个相对低谷阶段。而且由于长期以来学术界对于古代典籍过分注重，而忽视实际应用技术和科学研究，这使得当时科技水平落后于西方列强，为后续被侵略埋下隐患。
最后，是国际环境变化所带来的挑战。在16世纪末至17世纪初，以葡萄牙为代表的一批欧洲海上帝国开始向东扩张，他们在亚洲各地设立贸易站点，并逐渐转变为殖民据点。这使得中国面临前所未有的外部威胁，其传统闭关锁国政策显然不能应对这种新的国际形势。