，广东澄海岐山沟南人，1888年生于广州高第街。早年家道中落，父亲去世后仅八岁。1900年寄养湖北武昌，在姑丈家读书。两年后考取官费留学日本，就读于日本第七高等学校，并在此期间接触了马克思主义，被认为是中国最早接触马克思主义的学者之一。
1911年加入同盟会，并在辛亥革命中积极参与。1912年返回日本继续深造，从日本第七高等学校毕业后进入帝国大学文学部攻读。在那里，他成为中国第一位介绍爱因斯坦狭义相对论的学者。
1922年受孙中山之邀回国担任广州市教育局长，并与廖仲恺结婚。1923-1927年出任广东教育厅长期间，他推动了新文化运动，对抗封建教条和外国势力干涉国内教育事务。他还是《中国第一次全国代表大会宣言》的教育部分起草人之一。
1931、1934和1937年的三次任期内，他分别曾出任过中山大学校长和广东省教育厅长。在1940年代初期，他主持将中山大学迁回广东并担任代校长，再次被免职，但他仍然坚持自己的理念。
1951年的第三次上任时，许崇清致力于建立以辩证唯物主义为基础的教育体系。他强调“人的全面发展”并批评了一些传统观点，将他的理论融入到实践中，如通过调整教学计划、精简课程设置等措施来提高学生实际工作能力。
1957年的报告《人的全面发展的教育任务》被认为是他思想成就的一大篇章，这份报告深刻阐述了“人的全面发展”的概念，并批判了一些其他观点。他还提出“教育是一种双向过程”，强调教师也需要学习，而不仅仅是学生。这份报告至今仍被视为新中国成立后的重要文献之一。
许崇清一生都致力于现代化和社会改革，在政治、文化、经济等多个领域均有所贡献，同时他也是一个具有开拓精神的人，为当时及未来的几代人树立了榜样。在1969年的晚岁里，他离开了这个世界，但他的精神遗产依然影响着我们今天的生活与思考。
