在卞敦的生平中，他年轻时即展现出卓越的才能，先后在州郡和司空府担任要职。他的贡献深受同僚的赞誉，东海王司马越闻名于世后，便召他为自己的高级助理。永嘉三年（309年），前赵刘聪与王弥等人率领五万精锐骑兵逼近洛阳，卞敦与胡毋辅之共同劝说当时太傅的司马越抵抗王弥，但遭到了太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。面对这种情况，卞敦竭尽所能争论，最终众人的意见都支持了他，最终司马越决定带兵抵抗，并成功击退了前赵军。此后，卞敦被任命为汝南太守。当时，司马睿曾经请求他出任镇东军咨祭酒，但卞敦没有接受这个提议。征南将军山简则请他担任其副手。
次年，当山简根据朝廷命令将流落于南阳地区的雍州流民迁回本乡并派兵催促他们前进，这却激起了流民中的叛乱；荆州和湘州流民也推举杜弢作为首领，在永嘉五年（311年）举兵叛乱。面对这两场叛变，山简委托卞敦监管沔北七郡军事、兼振威将军、江夏相，并驻扎在夏口。在讨伐沔中的叛乱期间，他成功平定了所有暴动。
建兴三年（315年），杜弢再次发动叛乱，被安置的人又一次背离忠诚。在此之后，与杜弢作战不利的情况下，加授征讨大都督参与讨伐。他最终帮助平定了杜弢的问题，并因功而封安陵亭侯。
随后，他被聘为王敦的大臣。在东晋建立后的某个阶段，他担任太子右卫率。当祖逖去世后，由于石勒再次攻陷北方土地并侵扰淮河和泗水流域，一时间元帝急需一位有能力的人物来稳固边境防线，以阻止石勒进一步向南推进。这时候大家都力主选择卞敦，因此他被委以征虏将军、徐州刺史职务，并负责镇守泗口。
太宁元年的某个时候，当石勒攻击彭城和下邳时，因为自己认为无法挡住敌人攻势，所以与征北将军王邃一起撤退到盱眙，而导致淮北地区大部分城市落入敌手。这一系列事件使得人们开始怀疑他的勇敢，使得他的职位降低至鹰扬将军并调往大司农位置。而接着，又由权臣王敦推荐重新提升为征虏将军、大都督石头诸军事。
太宁二年的某个时候，当明帝趁权臣们图谋篡位之机下令讨伐这些反贼时，将卞敦提升为假节持有的镇南将軍以及保卫石头城之任务。一旦这场内斗结束，他还获得了一份尚书官职并因为服务获得益阳侯爵号。但不久之后，再度改组成光禄勋官员，然后转而担任安南将軍及湘州刺史。他拒绝升格成为征西大將軍陶侃提出的一个更高级别的职位要求。
咸和二年的某天，当苏峻联合祖约发起造反行动，以及温峤等人带着援救建康部队的时候，只是派出了少数士卒跟随大师，不给予足够补给材料，而且只派遣督护荀璲领导几百名士兵跟随远行。当此刻，对此种行为无人不知，无人不愤慨甚至感到遗憾，有些甚至像陶侃这样的重要人物更加愤怒地提出批评建议对付廷尉处置。这段时间里丞相王导借用宽恕社会秩序恢复后的宽松政策让卞敦从原本就已是不满情绪中走出来，让其转而接掌广州刺史一职。但由于身体原因未能履新。而後，因病辞職後，被調為光禄大夫並領少府職務。不久间，为害社稀风潮引起忧惧羟虑，对於自己的评价也因此减弱，不久便因为忧郁过度亡故，其死讯传来後獲追赠原官，並加散骑常侍尊称敬侯称号，其子继承家产亦承嗣益阳侯爵位。
