在卞敦的仕途中，他先后担任过州郡和司空府的职务，之后又历任太子舍人、尚书郎。他的卓越表现赢得了同僚们的高度评价，东海王司马越闻讯后，即召他为自己的主簿。在永嘉三年（309年），面对前赵军队的威胁，卞敦与胡毋辅之共同劝说时任太傅的司马越抗击敌军，但遭到了太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。然而，在卞敦不懈努力和辩论下，最终取得众人的支持，并成功阻止了敌军的进攻。
随后，卞敦被授予汝南太守一职，当时朝廷还曾邀请他出任镇东军咨祭酒，但他没有应命。此外，他也曾受征南将军山简之托，为其服务。山简在处理流民问题时遇到困难，于是派遣卞敦监理沔北七郡事务，并兼领江夏相。他成功平定了当地的叛乱。
建兴三年（315年），杜弢再次起兵叛乱，卞敦被授予征讨大都督一职，与其他将领一起讨伐并最终平定了这场叛乱。他因功封安陵亭侯，并继续担任各种重要职务，如镇东大将军王敦的心腹官员。
在东晋建立初期，卞敦担任太子右卫率。在祖逖去世后，他被选为征虏将军、徐州刺史，以镇守边境防御石勒部队。但当石勒发动攻击并攻陷许多城池时，尽管有所犹豫，不愿意迎战，因此降低了一级官位，被指责为畏战者。不久，又被提升为征虏将军、都督石头诸军事，以抵抗权臣王敦发动政变。当政变失败后，他获得假节，加封镇南将軍，并因为贡献而改拜尚书，还因功赠益阳侯等荣誉。
然而，在咸和二年（327年），苏峻联合祖约起兵反叛，而温峤等人试图救援建康，但 卞敦未能提供有效支援，这引起人们广泛批评。而陶侃更是公开谴责他的行为，最终导致他辞去了官职。尽管丞相王导试图宽恕他，让他转而成为安南将軍、广州刺史，但 卞敦因为病不能履行职责。不久，被重新聘用为光禄大夫及少府。但由于内心深处对自己过去行为感到羟耻，对于自身的人生价值产生怀疑，最终忧郁至死，其子儿承袭益阳侯称号。而他的名字，也因此成为历史上一个著名人物之一。
