卞敦的生平历程充满了波折与荣耀，他在州郡和司空府任职后，逐渐成长为一名受人尊敬的官员。东海王司马越因他的才能而召他担任主簿。在永嘉三年（309年），面对前赵军队的威胁，卞敦与胡毋辅之共同劝说司马越抗击敌军，而不是像太尉王衍和河南尹潘滔那样退缩。尽管遭到反对，但卞敦坚持己见，最终赢得了众人的支持，并帮助司马越成功抵御了敌军。
随后，卞敦出任汝南太守期间，曾有机会出任镇东军咨祭酒，但他选择留下。山简征求他的意见时，他也婉拒不接受。此后，他成为征南将军山简的副手。当流民们在江夏地区起事叛乱时，卞敦被派去监视沔北七郡，并担任振威将军兼领江夏相。他迅速平定了叛乱并讨伐其他流民团体。
建兴三年（315年）杜弢再次叛乱时，卞敦被授予征讨大都督一职。他参与讨伐并最终平定了杜弢的叛变，因功封安陵亭侯。
随着王敦的崛起，卞敦被邀请担任其幕僚。此后的历史中，我们看到他先是担任太子右卫率，再次获得提升至镇北将军祖逖死后继承其职位。在这段时间里，当元帝需要一个能保护边境的人选时，他推举出了 卞敦。因此，被赋予征虏将军、徐州刺史一职，以防止石勒进一步侵扰边界。
然而，在接下来的几年里，由于战局变化以及一些失误，如在石勒进攻彭城和下邳时未能有效抵抗，以及在之后的一系列事件中表现出的畏懦态度，使得人们开始质疑他的能力，最终降级至鹰扬将軍、徴为大司农。但不久之后，被重新提拔为征虏将軍、都督石头诸軍事，並且参与鎮壓權臣王敦發動政變時所引发的大規模混亂。在這場戰役後獲得晉升為尚書，並因功獲封益陽侯。但隨後又改為光祿勳並擔當安南將軍、湘州刺史等職務，不久後再次晉升為征南將軍，但最終選擇辭讓職位。
咸和二年（327年），苏峻与祖约联合起兵反抗朝廷，而温峤带领部队前往救援建康；然而，在这一过程中，一些人批评说当时正值国家危难之际，却没有一个人能够提供真诚协助，这其中包括对待苏峻之乱中的行为。而陶侃更是直言：“阻止援兵，没有冒险精神，没有大臣应有的勇气。”此话深深打动了一切听闻者的心，让他们感到愤慨无比。不久之后，上奏请求让卞敦交由廷尉处理。这场风波过后，由于考虑到国家恢复秩序应该宽恕罪犯，所以最终决定让他转往广州刺史，但是由于病重未能履行任务。最后被调至光禄大夫及少府位置上工作。但即便如此，也无法消除人们对于他的争议，因为他的行为缺乏勇气，而且因为没有积极参与镇压苏峻之乱的事实，让公众评价不断降低，不久就去世，其子孙继续承袭益阳侯爵位。不过，为表彰其过去贡献，将其追赠原官加授散骑常侍，并谥号“敬侯”。