在卞敦的生平中，他年轻时即展现出卓越的才华和能力，先后在州郡和司空府担任官职，并曾担任太子舍人、尚书郎。在他的努力下，他赢得了其他官员的赞誉。东海王司马越闻讯后，邀请他成为自己的主簿。永嘉三年（309年），面对前赵刘聪与王弥等人的威胁，卞敦与胡毋辅之共同劝说司马越抗击王弥，但遭到太尉王衍和河南尹潘滔的坚决反对。卞敦不懈地争论，最终众人支持他的意见，司马越最终决定领兵抵抗，并成功击退了前赵军。
随后卞敦被调任为汝南太守，当时他拒绝了司马睿提出的镇东军咨祭酒一职。他接受征南将军山简的请求成为其司马。当年的流民问题使山简需要将雍州流民迁回本乡，而这引发了流民中的叛乱。面对这一挑战，山简委托卞敦监理沔北七郡军事，并授予振威将军兼江夏相一职，在夏口设立根据点。尽管如此，这场叛乱仍未完全平息。
建兴三年（315年）杜弢再次叛乱时，卞敦被提升为征讨大都督参与讨伐。此后杜弢被平定，作为报答，卞敦获得安陵亭侯封号。他还受命为王敦的军事顾问。在东晋建立之后，他担任太子右卫率。
祖逖去世后，其收复的地盘又被石勒攻陷，而元帝寻找能者镇守边境以阻止石勒进犯淮河及泗水地区。这时候大家推举起卞敦，被任命为征虏将军、徐州刺史，以镇守泗口。在接下来的战斗中，即便石勒攻破彭城和下邳，对于不能阻挡敌人的进攻而感到自责，不久降职至鹰扬将军并徙大司农一职。不过，此后的几年里，他又受到重用，被拜为征虏将軍、都督石头诸軍事。但是当权臣王敦病重欲篡位之际，一度受到追究，被免除此職並改授尚書，並因功封益阳侯。此後又历任光禄勋、安南將軍、湘州刺史，不久升為征南將軍，但最終辞让官位。此後虽多次受命于朝廷，却多因病或其他原因而未能履新。
咸和二年（327年），苏峻与祖约联合起兵反叛温峤等救援建康之师，而 卞统则只派遣少数士兵跟随大队，没有积极参与战斗，这行为引来众人的批评。当陶侃上奏批评他“阻碍救援，无忠义”，并请求处罚时，由于祸患已经过去，加上宽恕政策，也没有进一步惩处，只是让他转任安南將軍、广州刺史。但由于健康状况不佳，没有能够履行新的职务，最终还是回到原有的位置，为光禄大夫领少府。这段期间内，由于没有出力帮助朝廷解决危机，对他的评价逐渐降低，最终忧郁过世，有幸追赠原官加散骑常侍谥敬侯。他的儿子继承益阳侯爵位继续家族荣耀传承。
