在卞敦的仕途中，他先后担任州郡和司空府的职位，之后又曾任太子舍人、尚书郎。他的卓越表现赢得了同僚们的赞誉，东海王司马越闻听后，便将他召为自己的主簿。在永嘉三年（309年），面对前赵军队的威胁，卞敦与胡毋辅之共同劝说时任太傅的司马越抗击敌军，但遭到了太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。然而，在卞敦不懈努力下，最终众人的意见倒向了他的立场，司马越决定出兵抵抗，并成功地击退了前赵军队。
随后，卞敦被授予汝南太守一职，当时朝廷还曾邀请他出任镇东军咨祭酒，但他拒绝了。此后，他接受征南将军山简的委托，将流落于南阳地区的雍州流民迁回本乡，但这举措却触发了一系列叛乱。当山简再次派兵催促这些流民返回家乡时，他们中的一个名叫王如的人率领其他叛乱者发起叛变。这两场叛乱都被卞敦平定。他随后监管沔北七郡并屯驻夏口，对付那些仍然反抗的地方。
在杜弢第二次起义期间，卞敦被提升为征讨大都督，并参与到讨伐行动中。杜弢最终失败，而作为奖励，卞敦获得封号安陵亭侯。接着，他受命成为王敦麾下的军事顾问。在东晋建立之后，他担任太子右卫率，并因其忠诚而受到尊敬。
当祖逖去世后的北方土地再度失守，由石勒所攻陷，并且威胁淮河和泗水流域时，被认为是最合适的人选来阻止石勒进一步侵犯边界。于是，一致推荐由他担此重责，为征虏将军、徐州刺史。但在石勒进攻彭城和下邳期间，因自己无法抵御而退守盱眙，这导致淮北地区的大部分城池都落入敌手，使人们开始怀疑他的勇敢性格，因此降职至鹰扬将軍並調為大司农。而後由於功绩，被升為征虏將軍、都督石头诸軍事，並假节待遇。
隨著权臣王敦病重并试图篡位事件发生，一方面明帝趁机削弱权力中心，同时也调动力量讨伐，以防止更多危险。一时间内，无论是朝堂还是百姓，都对这个没有挺身而出的高官感到遗憾与抱怨。尽管如此，在苏峻之乱爆发后，即使温峤等人带着救援部队前往建康支援，也未能得到他的积极响应；更有陶侃直言：“阻碍救援，不助国难，无君子的品行。”最後因病忧死，有追赠原官，加散骑常侍谥号敬侯，其子继承益阳侯爵位。
