在卞敦的生平中，他年轻时便展现出了卓越的才能，先后在州郡和司空府担任职务，最终成为太子舍人、尚书郎。他的才华得到了许多同僚的赞誉，东海王司马越更是将他召为自己的主簿。在永嘉三年（309年），面对前赵刘聪率军攻打洛阳时，卞敦与胡毋辅之一同劝说司马越抵抗，但遭到太尉王衍和河南尹潘滔强烈反对。卞敦坚持己见，最终成功说动了众人支持，以至于司马越决定出兵抵抗，并最终击退了前赵军。
随后卞敦被任命为汝南太守，当时他还曾有机会出任镇东军咨祭酒，但他选择了回绝。此后，他受征南将军山简之邀，担任其司马。在山简领导下，卞敦参与平定了多次流民叛乱，并因功封安陵亭侯。
然而，在镇北将军祖逖去世后的混乱中，卞敦被授予征虏将军、徐州刺史的职位，以防止石勒继续南侵。他虽然最初成功地守住泗口，但在石勒进攻彭城和下邳时，因考虑到自己不能胜任而退守盱眙，被指责为畏懦。尽管如此，他仍然获得了一系列新的职位，其中包括征虏将军、都督石头诸军事，以及假节等荣誉。
不久之后，在讨伐权臣王敦期间升为镇南将軍并守石头城，这场行动最终导致王敦之乱平定。虽然他也因功获封益阳侯，并改任光禄勋，但随着苏峻起兵叛乱，他再次面临质疑。当陶侃上奏批评他的行为后，即使丞相王导力求宽容赦免，也无法挽救他的声誉。他最终因为忧愁而去世，其子子女继承遗产并继续家族荣耀。