在卞敦的生平中，他年轻时即展现出卓越的才能，先后在州郡和司空府担任要职。他的杰出表现赢得了同僚们的广泛赞誉，东海王司马越看中了他，将其招至麾下担任主簿。永嘉三年（309年），面对前赵刘聪与王弥联合军队逼近洛阳，卞敦与胡毋辅之共同劝说司马越采取强硬态度抵抗，这一建议最终获得通过，并成功击退了敌军。
随后卞敦被授予汝南太守一职，当时朝廷还曾邀请他出任镇东军咨祭酒，但他选择回绝。在山简征讨流民期间，卞敦受命监察沔北七郡军事，并兼领江夏相。他迅速平息了当地的叛乱，为朝廷稳定局势贡献巨大力量。
建兴三年（315年）杜弢再次起义，卞敦被提升为征讨大都督，与其他将领联手平定叛乱。此战功成，被封为安陵亭侯。之后，他又成为王敦麾下的军司，在东晋建立初期，被委以太子右卫率之职。
祖逖去世后，其所收复的地盘遭石勒重新夺回，而元帝急需有人阻挡石勒的南侵进程。当时众人推荐卞敦，他因此被任命为征虏将军、徐州刺史，以镇守泗口防线。但当石勒攻打彭城和下邳时，尽管 卞敦认为自己无法抵御，但仍然决定退守盱眙，最终导致淮北地区失陷。这场失败使得人们开始怀疑他的勇气，使得他降职并调往大司农一职。
然而不久之后，由于权臣王敦发动政变而被明帝下令讨伐，上升到假节级别并担任镇南将军以守护石头城。政变结束后，他因功而被授予尚书之位，并因功封益阳侯，再次转由光禄勋。此外，还曾多次接管重要官位，如安南将军、湘州刺史，以及征南将軍等高位，但多数情况下均辞让或未能就任。
咸和二年（327年），苏峻与祖约联合造反，对此温峤等人救援建康，而卞敦则没有积极行动，只派遣少量部队跟随大师兄荀璲。而这段时间内，无论是朝野还是名士陶侃，都对他的行为表示责难甚至愤慨。在苏峻之乱平定后的咸和四年（329年），陶侃上奏指责 卞 敦“阻兵观望，不赴国难，无大臣之节”，请求追究其责任。由于丞相王导认为那是一种宽恕过错的手段，因此把 卞 敦调到了安南将军、广州刺史的位置，但由于病痛，不愿意履行新职务，最终转而成为光禄大夫及少府。大部分公众评论对他的评价也因此有所降低，不久便因为忧郁自杀，其遗体获追赠原官，加散骑常侍，并谥号敬侯；其中长子卞滔继承家业，即承嗣益阳侯。