王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府管理上的低效率。在中国两千年的历史中，以道德来代替法制的情况到了明代达到极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也是为了说明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都有各自的特点，都试图改革，但最终失败了。大部分人甚至遭遇革职或入狱这样的下场。这一切都是因为一个强大的体制惯性所带来的悲剧。他们为整个集团平衡而努力，却阻碍了国家武备科技革新和商业发展的进步。文官集团的统治让他们对这个国家来说，是一种不幸的开始。而文官与宦官集团夺权，更是使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一种平淡无奇的一年，只是在那一年里，发生了一些历史学家容易忽略的小事，它们看似不起眼，但实际上却是以前大事发生的问题，也预示着将会掀起波澜的一系列事件。这些事件之间因果关系，就是历史的一个重点。在《万历十五年》这本书中，通过描述几个关键人物，我们看到这个即将崩溃的大明王朝悲剧命运，以及它最终被时间抹去的事迹。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了中国以道德代替法律的情况——道德并非完美，无论技术还是法律都无法完全依赖于意识形态。他认为，明朝的一个显著特征就是依靠意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，在 万历十五年的某个瞬间，一条分水岭划开：中国与西方之间越来越宽阔！西方正在崛起，而东方则陷入沉沦之中！