王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律的缺失和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极致。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。
在万历年间，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有着自己的特点，都试图进行改革，但最终都以悲剧收场。这让我们看到了一个强大的体制惯性的悲哀。在这种体制下，即使是皇帝自己，也只能无为而治。他们试图通过改革改变这个国家，但却因为文官集团的抵抗而失败，大部分人甚至遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞状态。
文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，而文官与宦官之间权力的斗争，更是导致大明王朝走向衰败的一个关键因素。在历史上，万历十五年虽然看似平常，但是它记录了一系列容易被忽视的小事件，却也是导致后续大事发生的一系列症结。此外，这些事件也是将来会引起波澜的机缘。在《万历十五年》这本书中，我们可以看到这些没落王朝的人物及其命运，以及他们如何无法挽回地走向了灭亡。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经详细批判了中国以道德代替法律的情况，他认为道德并不能完全取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个特征就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到空前未有的水平。
从那以后，中国与西方之间的差距就越来越大。西方正在崛起，而东方正在衰退。这是一个转折点，是一段深刻影响中华民族未来道路的大历史篇章。