王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律的和政府能力不足。两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而他写作《万历十五年》的目的，也在于说明这一观点。
明朝万历年的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都各有特点，却都以悲剧收场。即使是万历自己，在这种文官集团体制之下，只能无为而治。这让我们看到了一个强大体制惯性的悲哀。他们每个人的努力尝试改革，但最终失败，大部分人还落得个革职或入狱。一群文官为了整个集团的平衡，使国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。而文官与宦官集团的夺权，更是使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年只是平凡的一年，但就在这一年的某些事件中，我们发现了前所未有的关键转折点，这些事件看似不起眼，却实际上成为后来大事发生的导火索。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物描述，我们看到了这个没落王朝悲剧命运，以及这些帝王将相如何无法挽回自己的命运。
虽然黄仁宇已经在书中批评了中国以道德代替法律——道德非萬能，不可代替技术，更不可代替法律。他认为，明朝特征之一是在“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到了空前的程度。
从那一刻开始，即1587年的那个瞬间，中国和西方之间差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国开始衰退！