王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的这一年，不仅决定了许多事情的走向，也平淡无奇到几乎没有值得一提的内容，但它正是中国封建王朝发展的一个关键时期。
过去关于明史的叙述往往带有“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，民众贫困的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律和政府能力的问题。中国两千多年来，以道德取代法制的情况到了明代达到顶峰，而他写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一点。
在万历年间，这个时代的大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们都以悲剧收场。连当时的皇帝也只能无为而治，因为他们被束缚在一个文官集团体制中。这让我们看到了强大体制惯性的悲哀。每个人都各具特色，闪耀着光芒，却试图进行改革，最终失败，大部分人甚至遭遇革职或入狱。一群文官为了维护整个集团和国家利益，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。文官集团统治对这个国家来说，无疑是一个不幸开始，文官与宦官之间权力的争夺更是使得大明王朝变得残破不堪。
历史上，万历十五年的确是一种平常的一年，只是在这个平常之中，有一些事件发生，它们虽然看似微不足道，却其实隐藏着前面许多大事的症结，也预示着将会掀起波澜的事物。在《万历十五年》中通过描述几个关键人物，我们看到那个即将崩溃的王朝悲剧命运。而最终，这些帝王将相所创造又消逝了。
尽管黄仁宇在书中已经批评透彻了中国以道德替代法律的问题——道德并不完美，它不能取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的水平。
从那一年开始，与西方帝国之间的差距越来越显著！西方帝国正在崛起，而东方帝国则步履蹒跚！