王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，它正是中国封建王朝发展的一个非常重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的问题，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而是在于法律和政府管理上的低效。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
在万历年的重臣中，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都各有特点，努力想要改革，但最终大多数人遭遇革职或入狱这样的下场。他们试图推动国家的发展，但文官集团对整个体制的控制导致武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。这种文官集团统治让他们对这个国家来说，无疑是一种不幸的开始，加上宦官集团夺权，使得大明王朝走向衰败。
在历史上，万历十五年的确是一个平凡的一年，只不过这一年里，有一些容易被忽视的小事件发生了。这些建议看似不起眼，却实际上是之前重大事件的一个症结所在，也预示着将来的变故。在《万历十五年》中通过描述几个关键人物，我们可以看到这个崩溃中的王朝悲剧命运，以及历史如何使这些帝王将相们最终落尽尘土。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律的情况——道德并非无能，不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝之所以特殊，是因为它依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国的每一个角落，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，即万历十五年的那一刻起，中国与西方之间的差距就越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国却开始衰退！