王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
关于明史的叙述往往都强调“税重民穷”的情况，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律的缺失和政府能力不足。在两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人的故事都是悲剧性的。即使是万历帝自己，在这种文官集团体制下，只能做出无为而治。从这些人物身上，我们可以看出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。他们每个人都有各自的特点，都试图进行改革，但最终失败，大多数人甚至遭受革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。而文官与宦官集团之间权力的斗争，更是导致大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一种平常心态下的日子，只不过，这一年里发生了一些容易被忽视的小事，却又隐藏着那些以后会掀起巨大波澜的大事件。这其中因果关系，就是历史学家们需要关注的地方。在《万历十五年》这本书中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个没落帝国背后的人物悲剧和命运之谜，以及它如何一步步走向灭亡。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《 万历十五年》已经进行了深刻批判——道德并非完美无缺，不足以取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝的一个特征就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论是在强度还是广度上，都达到了前所未有的高度。
从那一刻开始，即万历十五年的时间节点，一直到现在，对中国和西方之间差距越来越大的现象我们始终无法摆脱。西方的一些帝国正在崛起，而东方的一些帝国则开始走向衰败。这是一个值得深思的问题，是不是我们应该重新审视一下我们的制度和文化？