王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇甚至没有任何值得一提的地方。这一年恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不是国家的赋税过重，而是在于法律和政府能力的低下。两千年的中国历史，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，而他写作《万历十五年》的目的，也在于说明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都各有特色，努力想要改革，但最终大多数人遭遇革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技创新和商业发展陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团之间夺权更是使得大明王朝走向衰败。
然而，在历史上，万历十五年只是一个平凡的一年，只不过这一年的事件看似微不足道，却实际上却隐藏着导致后续大事发生的小故事情节。在《万历十五年》中通过对几个关键人物的描述，我们可以看到这个没落王朝悲惨命运，以及这些帝王将相如何被时间所遗忘。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律这种现象——道德并不完美，它不能取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个特征在于“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国所有方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。”
从那以后，一种力量正在西方崛起，而另一种力量则正在东方消退。